Método utilizado para a análise morfológica que permite o estudo das alterações de células isoladas e/ou em pequenos grupos. As amostras podem ser obtidas por raspagem, descamação natural ou por aspiração. O exame citopatológico dos líquidos (cavidades, lavados, urina) e secreções destina-se quase que exclusivamente à pesquisa de células neoplásicas.

O exemplo mais conhecido deste tipo de exame é o de Papanicolaou ou preventivo do câncer de colo uterino. Este é colhido pelo ginecologista e enviado ao laboratório de anatomia patológica para que o patologista possa analisar as células e, se for o caso, fazer o diagnóstico precoce do câncer ginecológico ou de seus fatores de risco, como o HPV, possibilitando, assim, o tratamento mais adequado das pacientes.

Inclue-se ainda o material proveniente de punções aspirativas por agulha fina de vários órgãos, sendo este um método pouco invasivo e de diagnóstico rápido. Seu estudo baseia-se na interpretação citomorfológica do material obtido por punção de nódulos, massas, órgãos e estruturas superficiais ou profundas identificadas pela palpação ou por métodos ultra-sonográficos.